คุโด้ ชินอิจิ นักสืบหนุ่ม นักเรียนมัธยมปลาย โรงเรียนเทย์ตัน ซึ่งกำลังโด่งดังสุดขีด เพราะคลี่คลายคดียากๆมาหลายคดี และได้เป็นผู้ช่วยของส.เมงูเระด้วย วันหนึ่ง ชินอิจิ ได้ไปเที่ยวด้วยกันกับ โมริ รัน เพื่อนรัก และเผอิญได้พบกับกลุ่มชายชุดดำท่าทางน่าสงสัย ด้วยความที่เป็นคนช่างสงสัย ชินอิจิก็ได้สะกดรอยตามเขาไป และก็ได้ยินเรื่องที่เขาคุยกับ แต่ทว่า ชินอิจิก็โดนชายชุดดำลอบทำร้าย และโดนจับกรอกยา จนทำให้ตัวหดเล็กลงกลายเป็นเด็กอายุ 6ขวบ

พอรู้สึกตัว ชินอิจิก็รีบไปหาดร.อากาสะ เพื่อขอความช่วยเหลือ และดร.ก็กำชับว่าอย่าบอกใคร พร้อมกับเปลี่ยนชื่อเสียงเรียงนามใหม่ว่า เอโดงาวะ โคนัน จากนั้น ก็ย้ายไปอยู่สำนักงานนักสืบซึ่งก็เป็นบ้านของรันนั่นเอง เพื่อสืบหาเบาะแสเกี่ยวกับชายชุดดำไปในตัวด้วย แต่จนแล้วจนเล่าสืบหาเบาะแสเกี่ยวกับชายชุดดำก็ยังไม่คืบหน้า แถมนักสืบที่ไม่ค่อยได้เรื่องได้ราวอย่าง โมริ โคโกโร่ พ่อของรันนั้นกลับมีชื่อเสียงมากขึ้นทุกวัน แถมต้องมาร่วมกลุ่มเด็กๆชมรมนักสืบรุ่นจิ๋วด้วย

แต่จนกระทั่งวันนึงก็มีเด็กผู้หญิงลึกลับคนหนึ่ง ได้ปรากฎตัวขึ้น ซึ่งเธอคือ ไฮบาระ ไอ เธอบอกกับชินอิจิ ว่า เธอเป็นคนผลิตยาที่ชินอิจิถูกกรอก ซึ่งยานั่นก็คือ APTX 4869 และเธอก็ได้หลบหนีออกจากองค์กรลับนั่น เนื่องจากไม่พอใจการกระทำของคนในองค์กร ดังนั้น เขา(โคนัน)และเธอจะต้องช่วยกันสืบหาเบาะแสและจัดการกับองค์กรชุดดำ รวมถึงการกลับมาเป็นร่างเดิมของพวกเขาทั้งคู่ …